但有關於營業秘密犯罪，事實及證據經常是逐步浮現，標的既然是秘密，相較於其他，蒐證更是困難。究竟要從哪時起算?諸多案件中迭生爭議。
民國26年(1937)最高法院上字第919號判例:"刑事訴訟法(按:當時舊法)第二百十六條第一項規定，告訴乃論之罪，應自知悉犯人之時起，於六個月內為之，所稱知悉，係指確知犯人之犯罪行為而言，如初意疑其有此犯行，而未得確實證據，及發見確實證據，始行告訴，則不得以告訴人前此之遲疑，未經申告，遂謂告訴為逾越法定期間。"對於是否逾期告訴，採保守見解，即不輕易認定已逾告訴期間，必待至確知犯人之犯罪行為，例如發現確實證據，始能起算。
此見此迄今，在營業秘密案件上，仍被援用，近期案件以台灣台北地方法院104年度訴字第617號判決(確定與否待查)為代表，法院認定，即使在員工離職前後，公司曾廣泛發信要求不侵害、指證侵害，亦或於證據(例如對話)中提及營業秘密事項，如未能具體認定涉及犯罪之行為本身，例如侵害之具體行為，還是有可能被認為非屬發現確實證據，時效不能起算。類似見解:臺灣新竹地方法院107年度自字第6號刑事判決(確定與否待查)
依據營業秘密法修法情況，有關第13-2條有關域外加重處罰之犯罪，也將改為告訴乃論。預期檢察署及法院，仍將採取類似角度，對於是否逾期告訴，採較為保守立場。
